隨著中草藥研究進一步加深入，研磨處理中草藥后就需要將中草藥中的有效成分進行分離和提取。根據不同的中草藥中的有效成分和活性成分不同而對應的選擇不同的提取方法。

　　索式提取適用于溶解度較小的物質等。目前常用的是溶劑提取法，根據中草藥中各種成分在溶劑中的溶解性質，選用對待提取成分溶解大，對不需要溶出成分溶解度小的溶劑，從而將有效成分從藥材中提取出來。選擇的溶劑通過擴散、滲透作用進入到藥材細胞中，溶解了可溶物質并造成了細胞內外濃度差導致細胞溶液不斷向外擴散。溶劑按極性可分為三類：親脂性溶劑，極性小并介電常數小；親水性溶劑，極性較大并介電常數較大；水溶劑，極性大并介電常數大。

　　通過上述的提取之后得到的提取物仍然是個混合物，需要進一步除去雜質，并進行分離。具體的方法隨著中草藥的性質不同而異。其中兩相萃取法則為其中直接的辦法。利用混合物中各成分在兩種互不相溶的溶劑體系中分配系數的不同而達到分離。萃取前將萃取溶劑和混合物進行充分的混合，然后靜置等待分層。在充分混合過程中，以前往往使用手搖的方式，不僅浪費人力而且會有不能充分混合的現象，采用分液漏斗振蕩器，上下強力振動方式，得到更大的混合效果，釋放了研究人員的精力。適用于化學、制藥、醫學實驗室水質分析所需的溶劑提取、有機溶劑提取、土壤成分提取等。